La UISJ se fundó con el nombre de UNION DE EMPRESARIOS INDUSTRIALES DE SAN JUAN el 13 de septiembre de 1979. Los primeros años tuvo un camino intermitente y se afianzó con fuerza desde 1986.
El 13 de abril de 1998 comenzó a llamarse UNIÓN INDUSTRIAL DE SAN JUAN, con el Legajo 992 de Inspección General de Personas Jurídicas, dependiente del Ministerio de Gobierno de la Provincia de San Juan.
La Unión Industrial de San Juan se ha renovado permanentemente acorde a los desafíos de cada tiempo. La última modificación en sus Estatutos se realizó en la Asamblea General Extraordinaria del 27 de diciembre de 2013, aprobada por Decreto 0016 del 05 de enero de 2015.
La Unión Industrial de San Juan está asociada a la Unión Industrial Argentina. Con esta pertenencia tiene 4 Consejeros que suman su voz local a nivel nacional: La Platense SA, Taranto San Juan SA, Kolormax SA y Barrick Argentina. Además, los Consejeros Norberto Taranto y Gustavo Fernández forman parte de la Junta Directiva de UIA. En la actualidad la UISJ forma parte de la UIA Joven con la representación de Alejandro Mestre, de Kolormax SA.
La Unión Industrial de San Juan está asociada a la Agencia Calidad San Juan con la cual recibe aportes y tracciona con estándares necesarios para la competitividad de la industria sanjuanina. También, trabaja de modo mancomunado con la Agencia San Juan de Desarrollo de Inversiones. Por otra parte, la UISJ forma parte del Consejo Consultivo del Premio Provincial de Calidad que motiva y evalúa las instituciones públicas y privadas de la provincia para elevar los marcos de referencia de crecimiento.
La UISJ tiene otros espacios importantes de participación. Forma parte de la Mesa de la Producción junto a la Cámara Minera de San Juan, la Cámara Argentina de la Construcción Delegación San Juan y la Cámara de Comercio Exterior de San Juan. También participa de la Mesa de Gestión de la Industria Minera, en el marco del Ministerio de Minería. Está incorporada al Consejo de Educación, Trabajo y Producción, a la Mesa de Responsabilidad Social del Ministerio de Desarrollo Humano de San Juan, y trabaja de modo mancomunado junto a la Comisión Justicia y Paz del Arzobispado de San Juan en temas afines.